Để chuẩn bị xây dựng 2 dự án cầu Thủ Thiêm 3 và 4, TP.HCM cần tiến hành di dời 10 bên cảng trên sông Sài Gòn. Theo đó, Bộ Giao thông Vẩn tải vừa phê duyệt quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển Đông Nam bộ giai đoạn đến năm 2020 định hướng đến năm 2030, xác định nhóm cảng sẽ có 4 cảng biển gồm cảng TP.HCM, cảng Đồng Nai, cảng Vũng Tàu và cảng Bình Dương.
Trong đó, nhóm cảng TP.HCM được xác định là cảng tổng hợp Quốc gia, đầu mối khu vực gồm khu bến trên sông Sài Gòn, khu bến Cát Lái trên sông Đồng Nai, khu bến trên sông Nhà Bè, khu bến Hiệp Phước trên sông Soài Rạp.
Bộ Giao thông Vận tải định hướng quy hoạch di dời các bến cảng trên sông Sài Gòn với 10 bến cảng. Trong đó, di dời bến cảng Tân Thuận, quận 7 thuộc cảng Sài Gòn ra khu vực Hiệp Phước ở huyện Nhà Bè để phù hợp với tiến trình xây dựng cầu Thủ Thiêm 4.
Riêng cảng Nhà Rồng-Khánh Hội, hồi cuối năm 2017 UBND TP.HCM đã yêu cầu cảng Sài Gòn bảo đảm thời gian bàn giao mặt bằng trước ngày 31/12/2018.
Theo Bộ Giao thông Vận tại, những bến cảng chưa di dời tiếp tục hoạt động theo hiện trạng, không cải tạo nâng cấp, mở rộng và nghiên cứu di dời sau năm 2020 hoặc chấm dứt hoạt động khi hết thời hạn. Đồng thời, xác định khu bến cảng Hiệp Phước là khu bến cảng chính của cảng biển TP.HCM trong tương lai, chủ yếu làm hàng tổng hợp, container, tiếp nhận tàu tổng hợp.
Mục tiêu bố trí hợp lý các cảng biển nhằm phát huy hiệu quả tổng hợp, tạo sự phát triển cân đối, đồng bộ giữa các cảng biển và cơ sở hạ tầng. Đồng thời, phân bố hợp lý luồng hàng hóa nhằm giảm tải lưu lượng giao thông đô thị, giải tòa ùn tắc khu vực trung tâm TP.HCM.
Về định hướng ưu tiên đầu tư từ nay đến năm 2020, việc phát triển cảng biển sẽ đẩy nhanh tiến độ đầu tư khu bến cảng Cát Lái ra đường Vành đai 2, nút giao thông Mỹ Thủy và các nút kết nối với khu bến Cát Lái.
Đầu tư đường cao tốc Biên Hòa-Vũng Tàu. Trong đó tập trung xây dựng trước đoạn Biên Hòa-Cái Mép, tăng cường khả năng kết nối khu vực cảng Cái Mép-Thị Vải.
Xây dựng tuyến đường liên cảng, các tuyến đường kết nối tới các bến cảng khu vực Cái Mép-Thị Vải. Xây dựng đường vào các bến cảng khu vực Hiệp Phước. Trong đó, đầu tư hoàn thiện tuyến đường trục Bắc-Nam vào Khu công nghiệp bến cảng Hiệp Phước.